肝脏生化功能检查对于判断有无肝脏损害及其程度，无疑是有重要价值的，但也应注意其不足之处。
第一，假阴性。肝脏有较丰富的储备功能和代偿能力，轻度或局限性病变时，肝生化检查可正常，如在慢性无症状乙型肝炎病毒携带者常可出现假阴性而被误判为“健康者”。
第二，假阳性。肝功能试验大多是非特异性的，其他非肝脏疾病或生理影响（如妊娠）也可引起异常反应，正常人群中1%～4%可有肝生化异常。
第三，肝脏的生化变化是多方面的，每一种试验只能反映某一个侧面，只有同时测定几个生化试验，意义才较大。
第四，肝生化试验结果可受操作方法、仪器、试剂、pH、温度以及操作者的责任心和技术熟练程度等多种因素影响，因此要有可靠的质控测定，否则可能无法判定生化结果的意义。
