HBeAg仅存在于HBsAg阳性者的血液中，HBeAg阳性是乙肝病毒高复制和传染性强的标志之一，如HBeAg持续阳性表示乙肝病毒持续复制、传染性较强，同时发生肝硬化、肝癌的概率较高。根据HBeAg定量的变化大体可以估计肝内炎症，HBeAg含量较高时，患者处于免疫耐受期，肝内炎症较轻，抗病毒效果差，以定期观察随访为主，随着HBeAg含量下降，由免疫耐受期进入免疫清除期，此时炎症加重，此期抗病毒的治疗能取得较好的效果。经治疗后HBeAg血清学转换，表明患者对乙型肝炎病毒的免疫力提高，并获得持续免疫应答，且预后较佳，乙型肝炎病毒被持续控制。自发性HBeAg血清学转换主要出现在免疫清除期，年发生率为2％～15％，其中年龄小于40岁、ALT升高以及感染HBV基因A型和B型者发生率较高。
定量测定能明确检测HBeAg向HBeAb转换的时期，可表现为HBeAg定量下降和HBeAb定量变化的血清转换过程。外周血中HBeAg与HBV DNA具有良好的相关性，但两者对抗病毒治疗的反应却不同。患者接受抗病毒治疗后，HBV DNA可很快降低，但HBeAg下降较慢。HBV DNA定量可作为评估抗病毒药物疗效的指标之一，为抗病毒治疗病例和方案的选择，以及肝炎的复发和预后等提供有价值的参考。
在抗病毒治疗过程中，治疗后HBeAg血清学转换表明患者对乙型肝炎病毒的免疫力提高，并获得持续免疫应答，且预后较佳，表明乙型肝炎病毒复制被持续控制，HBeAg可作为疗效观测的重要指标之一。有研究报道，聚乙二醇干扰素α-2a（派罗欣）治疗271例HBeAg阳性患者48周，同时连续检测HBeAg效价，结果显示，如果24周的HBeAg效价≤10PEIU/毫升（PEIU是德国PE研究所建立的标准定量单位），有52％的患者在停药半年后可获得持续HBeAg血清学转换；如果患者HBeAg效价在10～100PEIU/毫升之间，则有20％的患者在停药半年后（72周）可获得持续HBeAg血清学转换；如果患者HBeAg效价≥100PEIU/毫升，则持续HBeAg血清学转换率仅为4％。用传统方法检测HBeAg，其敏感性及特异性不够，易出现假阳性、假阴性，已无法满足临床医生的需要。雅培的微粒子化学发光法和罗氏的电化学发光法是国内外公认的检测方法，其HBeAg定量检测可以弥补传统乙肝标志检查方法的不足。结果以S/CO表示，CO为Cut Off，是样本OD（吸光度）与临界质控（阳性对照）OD值之比，其＞1为阳性。
HBeAg定量检测不但可以了解乙肝病毒复制和传染性的强弱，而且HBeAg定量的下降幅度可以监测抗病毒药物的疗效，并预测HBeAg转阴和HBeAg血清学转换。
