在慢性
乙肝感染过程中，HBeAg阳性往往表明HBV DNA复制较强。在经过数年或更长时间，由于机体免疫应答的作用，对病毒复制有所抑制，从而可以出现HBeAg转阴，伴有抗HBe阳性产生，此时临床病情趋于稳定，HBV DNA阴性或低水平，这种现象称为HBeAg血清转换。未经抗病毒治疗，HBeAg每年的自发转换率也可达2％～15％。患者如能维持上述状态，虽HBsAg仍然成阳性，但临床疗效较好，病情较稳定，仅有少数患者发展成为
肝硬化或
肝癌。少数患者在出现血清转换后，病毒又可被再度激活，HBeAg再度成为阳性，HBV DNA增高，如ALT升高，应该再次进行抗病毒治疗。在抗病毒治疗过程中，通常将HBV DNA和ALT水平作为主要观察指标，这些指标虽然很重要，但都不能直接反映机体免疫反应情况，也就是说，即使HBV DNA转阴和（或）ALT降至正常，仍可能没有达到免疫控制，在这种情况下停药的复发率非常高，只有当e抗原血清转换，才提示真正意义上的免疫应答，疾病方会稳定数年。
