（1）治疗乙肝的短期目标：在于防治肝功能损害，主要标志是防止丙氨酸转氨酶（ALT）的大幅增高。慢性乙肝患者病程中可反复出现肝功能异常，贸然中止抗病毒治疗后，也可能会突然出现病情的严重恶化，ALT可超过大于正常上限值的10倍之多。未达到停药标准却中止治疗者出现病情恶化的几率更高。因此，应该严密监测中止抗乙肝病毒治疗的患者的肝功能变化，并且至少随访数月。如有必要，可重新开始抗乙肝病毒的治疗。
（2）治疗的长期目标：当乙肝病毒侵入人体后，除了存在于血液中之外，另一部分病毒会直接进入肝细胞，与肝细胞核紧紧结合在一起，病毒DNA还可能进一步与宿主DNA发生整合，使得肝细胞再生的同时也复制了乙肝病毒。这部分乙肝病毒还会产生基因变异，从而加重肝脏炎症和坏死等活动性病变。只有控制这些活动性病变，才能阻断病情向肝硬化和癌变发展，从而延长了患者的生存期。这也就是乙肝治疗的长期目标。
此外，在乙肝病毒的感染过程中，乙肝e抗原阳性往往表明有活动性病毒复制。在一段时间的治疗之后，如果病毒的复制有所抑制，就会出现乙肝e抗原转阴，并伴有HBe抗体转阳。此时，乙肝病情在临床上也就趋于稳定。患者如果能维持上述状态，发展为肝硬化或肝癌的概率就很低。
