乙肝病毒感染与原发性肝癌关系密切。从分子生物学角度来看，乙肝病毒与肝癌发病关系有以下几方面：
乙肝病毒DNA整合，是乙肝病毒感染后造成肝细胞基因组严重失去稳定性的标志，可能引起DNA的重排，DNA的丢失，因而激活或抑制一些与生长基因有关的表达，从而导致肿瘤的发生。
肝癌中游离复制型的HBVDNA多为缺陷型病毒，不能产生完整的病毒释入血液，认为这种缺陷型病毒可能与致癌有关，亦可能为伴随现象。
HBV可能相当于促癌剂，由于肝细胞增殖，造成化学致癌引起突变的细胞，经克隆选择而获优势，并形成增殖的病灶。
HBV感染，使肝细胞对化学致癌物的代谢及DNA修补过程，增强了化学致癌物的改变和致癌作用。
