在世界各地健康自愿献血员中，HGV-RNA检测率高。这些研究显示庚型肝炎病毒感染在世界各地较为普遍。在美国，ALT正常的献血员的HGV-RNA阳性率为1.3%，ALT升高的献血者为5.6%，卖血者为12.9%。庚型肝炎病毒主要在儿童时期传播（也可通过垂直传播），然后形成了与HBV相似的慢性感染。垂直传播途径获得庚型肝炎病毒感染的个体不能持久去除病毒。
在不同高危人群中可观察到较高的庚型肝炎病毒的感染率，静脉药物滥用者15%～38%，血液透析者3%～57%，血友病患者14%～38%。在急性和慢性乙型肝炎、丙型肝炎及急性重型肝炎患者（绝大多数接受过输血）中存在高流行率。在酒精性肝并自身免疫性肝病患者中，HGV-RNA阳性率也高于正常人群，它们之间的关系尚不明确。
