首先，人感染乙肝病毒后，血液中的乙肝病毒有坚硬的蛋白质外壳，治疗乙肝的药物很难直接对病毒产生作用，必须依赖人体的免疫功能。其次，乙肝病毒的复制是在肝细胞内进行的，而治疗药物必须是小分子物质才能进入肝细胞内发挥抗病毒作用，乙肝病毒在人体肝脏以外的组织中的潜伏期平均为90～120天，因此抗病毒药物要发挥作用，必须要有足够的疗程、系统的治疗。第三，目前所用的抗HBV药物的作用靶位在乙肝病毒复制的原始模板cccDNA水平以下，对cccDNA没有抑制和降解作用，所以不论用什么抗病毒药物，不论胞浆内的DNA受到多大的抑制，也不论用药的时间有多久，均很难清除它们。只要肝细胞内有很少量的cccDNA，当停药后，核内的cccDNA又可以再次成为病毒复制的“模型”，继续复制乙肝病毒的DNA。这样就造成了一些抗病毒药物停药后的“反跳现象”。第四，乙肝病毒在某些药物作用下，会发生病毒基因变异，产生耐药性或免疫逃避。因而在选择治疗药物时应当慎重。第五，乙肝病毒感染肝细胞后，随着病程的延长，病毒可能与肝细胞的基因产生整合。一旦发生这种现象，治疗难度就会明显加大。因此，乙肝治疗必须及时。
此外，乙肝垂直传播容易形成免疫耐受。尤其是感染乙肝病毒的母亲通过胎盘感染胎儿，孩子出生后，由于免疫系统发育不完善，免疫功能不健全，不能有效地识别乙肝病毒，从而造成乙肝病毒感染。治疗起来，更是没有很好的办法。
