一般认为，乙肝病毒具有“嗜肝特性”，只在人体的肝细胞中活动。但是近年来，随着检测手段的进步，科学家发现了乙肝病毒还可以流窜到人体肝脏以外的其他组织和器官，并在相应的组织细胞中复制繁殖，复制后病毒的去氧核糖核酸基因（HBV-DNA）还能融合进肝外组织细胞中去，从而使其他组织器官受累而发生多系统、多器官的病变。常见的有：
（1）关节炎 受累关节常为单个，也可以多个，呈对称性，以肘、腕、膝关节为多见，疼痛并不剧烈，颇类似游走性风湿性关节炎。
（2）肾脏病变 比较多见。早期出现无症状蛋白尿、血尿，甚至颗粒管型，病情多变且迁延难愈，逐渐发展为肾功能不全。也有自愈病例。
（3）精神神经系统病变 神经系统受累以颅神经受累为常见，还可以出现嗅觉、味觉障碍，听觉丧失，前庭功能紊乱，三叉神经感觉障碍及颜面和舌咽神经受累。极少数病例尚可发生无菌性脑膜炎、脑炎、末梢神经炎及格林巴利氏综合征等。急性期患者常有短暂精神改变，如烦躁、易怒、失眠、多梦等，有些精神症状在恢复期后仍可持续一段时间。极少数者出现狂躁或高度抑郁。
（4）皮肤病变 以荨麻疹最多见，其次是红斑、斑丘疹、血管神经性水肿，偶见红斑性结节及猩红热样疹。
（5）心血管病变 如心肌炎、心包炎、结节性动脉周围炎等。前二者可能为乙肝病毒直接侵犯心血管而引起的，后者则系免疫复合物沉积于小血管壁引起。
（6）血液系统病变 主要是再生障碍性贫血与溶血性贫血。多见于儿童及青年。
（7）甲状腺功能改变 主要发生甲状腺功能障碍，患者血清蛋白结合碘、基础代谢率增高，碘吸收减少。
（8）消化系统病变 早期胃肠黏膜出现炎性改变，故有上腹不适、恶心、呕吐等症状。急性病毒性肝炎患者由于空肠内双糖酶和碱性磷酸酶（ALP）活性减少，不能耐受双糖的摄入而常有腹泻。部分患者因肝功严重损害或胆道淤阻不能充分排泌胆酸盐而出现脂肪痢。
（9）急性胰腺炎 多见急性水肿性胰腺炎，主要发生于重型肝炎患者，原因不明。非重型急性肝炎胰腺受累不明显，仅出现短暂而轻度的糖尿病。
（10）维生素缺乏症 慢性肝炎常有维生素缺乏，并由此继发钙和磷的缺乏，导致骨软化、骨骼疼痛，甚至骨折等。慢性肝炎、肝硬化、肝癌等常发生维生素A缺乏，出现眼睛发涩、视物不清和暗视适应障碍及强光闪烁后视力恢复障碍。急性肝炎病程较长者也可以发生。
