乙肝病毒在肝细胞内繁殖，但它本身并没有直接损害到肝细胞。肝组织的损伤是通过机体的免疫系统对
乙肝病毒的感染发生免疫反应所引起的。乙肝病毒在感染肝细胞后，会借助肝脏的细胞蛋白合成系统合成很多自身繁殖所需的蛋白质，这些病毒蛋白相对于人体来讲都是外来物质，是抗原。它们运动到肝细胞的表面，改变了肝细胞的抗原性，并刺激T细胞变成致敏淋巴细胞，同时体内也相应产生了抗肝细胞膜抗原的自身抗体，它们都攻击带有病毒的肝细胞，在清除病毒的同时，就导致了肝细胞破裂、变性和坏死，导致肝脏出现炎症。
乙肝病毒感染机体后，机体的免疫反应功能决定乙型
肝炎的发病类型。在免疫功能清除病毒时，免疫反应正常的人一般表现为急性
肝炎，在恢复期中有足够的免疫功能清除体内病毒而获得痊愈；免疫功能过强的人可以成为重症肝炎，这是因为大量的病毒被消灭的同时，广泛的肝细胞也被破坏；而如果被感染者体内特异性细胞免疫和体液免疫均有缺陷的话，就会导致循环T细胞减少，抗-HBs缺乏，因此不能完全清除病毒，抑制其复制，并且部分肝细胞会在致敏淋巴细胞的作用下不断被破坏，而使病变持久不愈，形成
慢性肝炎。
