肝脂肪变是慢性丙型肝炎的主要病理特征。40%～86%的慢性丙型肝炎患者病理上表现为肝细胞显著的脂肪变性和炎症并存。综合从2007－2009年的研究发现：一旦慢性丙型肝炎与脂肪性肝病并存时，可使脂肪性肝病和病毒相关性脂肪性肝炎的病变加速进展。丙型肝炎患者如存在脂肪肝就会影响干扰素α抗病毒的疗效，直接影响丙型肝炎患者持久的病毒学应答率；国内外实践均已发现，丙型肝炎同时伴有脂肪肝的患者，丙型肝炎较容易复发，肝纤维化进展以及肝硬化和肝癌的发病率明显增加。伴有代谢病者还需预防心脑血管病突发。
慢性丙型肝炎的肝细胞脂变可分2种类型：①一种为病毒性脂肪肝，由HCV基因3型病毒蛋白尤为核心蛋白直接作用引起；②另一种为代谢性脂肪肝，主要见于感染HCV基因Ⅰ型和Ⅳ型病毒者，由胰岛素抵抗及代谢综合征相关因素引起。但要确诊肝炎合并脂肪肝，还必须除外长期大量饮酒者的慢性酒精中毒性脂肪肝，还要除外其他慢性病，如结核、胆囊感染后、糖尿病、代谢异常性肥胖所致营养不良和脂肪代谢失调、单纯慢性迁延性肝炎、长期饮食中糖类过多、蛋白质少而引起的肝内脂肪代谢失常的恶性和慢性营养不良等疾病，同时经A型和B型超声、肝穿刺活体组织检查、CT或磁共振检查证实。对慢性病毒性肝炎患者，如病程中出现体重和腰围增加明显、原有肝炎症状加重、肝功能持续轻微异常，且伴γ-GT、ALP升高、血脂和尿酸升高及葡萄糖耐量异常者应考虑合并非酒精性脂肪肝的可能。目前，临床诊断非酒精性脂肪肝主要依赖影像学和组织学检查，尤其是组织学是诊断病毒性肝炎合并非酒精性脂肪肝的金标准。可参见中华医学会肝病分会脂肪肝和酒精性肝病学组制订的《非酒精性脂肪肝诊断标准（草案）》。
