感染丙肝病毒后1～3周，在外周血可检测到HCV-RNA。3个月后约90%患者抗-HCV转阳。丙肝病毒血症持续6个月仍未清除者为慢性感染，丙型肝病慢性化率可高达85%左右。感染后20年，中年人的肝硬化发生率为20%～30%；合并乙型肝病病毒（HBV）感染、嗜酒（50g/d以上）、非酒精性脂肪肝、肝脏高铁载量、合并血吸虫感染、肝毒性药物和环境污染所致的有毒物质等也可促进疾病进展。
丙肝一旦发展成为肝硬化，10年内生存率约为80%，如出现失代偿，10年内的生存率仅为25%。肝细胞癌的年发生率为1%～7%。
