乙型肝炎病毒为高变异病毒。人体免疫力及抗病毒治疗，可促使乙型肝炎病毒发生变异，通俗一点说，病毒为了生存，遭受到外来打击后，会乔装打扮起来，让人无法识别，以逃免监视，免遭打击。乙型肝炎病毒变异可从乙型肝炎病毒表面抗原（HBsAg）和乙型肝炎病毒e抗原（HBeAg）的变异表现出来。首先谈乙型肝炎病毒表面抗原的变异问题：乙型肝炎病毒表面抗原为阴性，甚至乙型肝炎病毒表面抗体为阳性时从血清中检测出乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸已不是罕见的现象。已感染乙型肝炎病毒而其表面抗原为阴性，但检出乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸者在我国达1％～3％，这种现象是由于乙型肝炎病毒表面抗原包括前S1、S2及S区的基因发生变异的缘故。可以导致表面抗原检查为阴性而乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸为阳性，其乙型肝炎病毒在体内逃避了免疫压力，远期有可能发展为严重的后果。再谈谈乙型肝炎病毒e抗原的变异问题：当乙型肝炎病毒e抗原为阴性时，应区别是属于自然血清阴转现象（即由于乙型肝炎病毒e抗原消失），还是由于乙型肝炎病毒的前C-C区发生变异所致的乙型肝炎病毒e抗原阴转。这种由于乙型肝炎病毒基因变异而出现乙型肝炎病毒e抗原阴性的现象，在亚洲各地十分多见，我国慢性乙型肝炎病人中约占30％。乙型肝炎病毒在宿主体内受到免疫压力时，其基因在编码时易出现误差，此时如果参与编码的脱氧核糖核酸聚合酶校正能力较差时，则出现错编。乙型肝炎病毒基因第1896核苷酸由G错编为A时就形成了新的终止码，而不能产生乙型肝炎病毒e抗原。易被误认为是血清阴转，而实际上是变异阴转。前C区的此种变异伴有C区的变异，这种逃脱免疫监视的乙型肝炎病毒，在体内进行变异后的结果是增殖复制失去免疫控制，是造成远期严重后果的原因。因此，乙型肝炎病毒表面抗原阴性不一定不是乙型肝炎，“大三阳”转成“小三阳”不一定是好事。
怎样诊断，判定是否存在乙型肝炎病毒的变异阴转呢？乙型肝炎病毒e抗体（抗-HBe）阳性的慢性乙型肝炎在我国相当常见，可占住院病人的20％～30％。另外，乙型肝炎病毒表面抗原和乙型肝炎病毒表面抗体同时阳性或乙型肝炎病毒e抗体、乙型肝炎病毒e抗原同时呈阳性，往往提示有病毒变异。
