任何方案的计划免疫都不是万无一失的。乙型肝炎疫苗也不例外，且病毒疫苗因其抗原性相对较弱、易变等特点，失败率较细菌菌苗要高。乙型肝炎疫苗免疫失败的常见原因是：子宫内已被感染、病毒基因突变。补救措施是：
（1）在接种乙型肝炎疫苗进行主动免疫的同时，间隔接种高效价乙型肝炎免疫球蛋白做被动免疫，这样可使保护性抗体的阳性率达到97.1％。
（2）完成计划免疫后1个月，即1月龄时，取血了解免疫结果，如为阴性，可追加1支乙型肝炎疫苗，同时作为免疫增强药，以提高机体对抗原的识别能力。如已被感染，则最好在专科医师指导下进行治疗。
（3）此类新生儿因多为人工喂养，故免疫机制启动较晚，建议使用强化母乳奶粉，以提高新生儿的免疫力。
