目前认为，乙型肝炎表面抗原（HBsAg），是在肝细胞的细胞浆中发现，当病人已经传染上乙型肝炎病毒还没有发病时，病人血液中就会出现乙型肝炎表面抗原。因此，检查病人血液中有无乙型肝炎表面抗原，就为医师判断病人是否传染乙型肝炎提供了重要依据。随着分子生物学的不断发展，对乙型肝炎病毒表面抗原分为S区、前S1、前S2区，目前发现前S1、、S2抗原在乙型肝炎病毒感染人体还没有发病时早已出现，且早于HBsAg，并认为，检测这两个抗原对于更早期诊断和治疗，以及判断预后，明显优于HBsAg项目的检测。有关这方面的工作已逐渐进入各医院临床实验室，相信不久的将来可能代替HBsAg等指标的检测。
完整的乙型肝炎病毒颗粒除乙型肝炎表面抗原外，其内部成分称为核心，在核心内含有乙型肝炎核心抗原（HBcAg）、乙型肝炎e抗原（HBeAg）、乙型肝炎X抗原（HBxAg）、DNA多聚酶（DNA-P）和一个部分双链的环形脱氧核糖酸分子（HBV-DNA）。生命是由各个不同碱基组成，不同碱基组成DNA双螺旋结构，DNA是蛋白质的基本核心，在病毒中起重要作用，如果DNA破坏最后将导致整个病毒死亡。
乙型肝炎核心抗原（HBcAg）：它在肝炎细胞的细胞核中形成。在电子显微镜下检查，可在肝细胞核中发现。感染乙型肝炎病毒的病人血清中，也会出现与核心抗原相应的核心抗体，但核心抗体与表面抗体不同，表面抗体是针对HB-sAg的，对人体有保护作用，机体血液中有表面抗体，当外界病毒侵入表面抗原时，可将其中和并驱逐体外，使机体不受乙型肝炎病毒的感染。而核心抗体对人体无保护作用，如果核心抗体持续升高，则说明乙型肝炎病毒在体内仍然继续繁殖，核心抗体分为IgM、IgG成分，一般认为IgM是急性感染早期出现的抗体，而且消失较早，IgG为慢性感染或急性感染后期出现的，对判断病人慢性化程度及预后有一定意义。
乙型肝炎e抗原（HBeAg）是在1972年发现的，这种抗原存在于乙型肝炎病毒的核心部分里面，因而病人血液中如果查到e抗原，就表明在病人体内仍有乙型肝炎病毒在继续繁殖。e抗原刺激人体产生的抗体称为e抗体，e抗体阳性有人认为比e抗原出现为好，表明体内病毒繁殖的降低，但也有人认为e抗体阳性病人，体内乙型肝炎病毒仍处于繁殖状态，所以单纯从e抗体阴性或阳性判断病人疾病的恢复不太可靠，学者们认为最有意义的是HBV-DNA和DNA-P，此两项指标目前被认为是判断乙型肝炎病毒体内繁殖的重要指目前，使用较多的乙型肝炎病毒有3种抗原抗体系统，即乙型肝炎表面抗原（HBsAg）和抗体（HBsAb），核心抗原（HBcAg）和抗体（HBcAb），及乙型肝炎e抗原（HBeAg）和抗体（HBeAb）。近年来随着分子生物学进展，又相继发现2种抗原抗体系统，而且受到目前临床和实验人员的重视，即前S1抗原、前S1抗体；前S2抗原、前S2抗体。大多数学者认为前S1、前S2抗原的阳性，表明体内乙型肝炎病毒的繁殖，而前S1、前S2抗体阳性表明疾病的恢复及对再次感染起保护作用。
