（1）肝癌的复发是影响移植疗效的最重要因素：
肝癌患者行肝移植后，肝癌“消失”了，肝炎没有了，肝硬化门静脉高压症不存在了，患者的感觉特“爽”，家人也很满意。但不幸的是，这样的“幸福时光”往往只能持续较短的一段时间，因为，不少患者的肝癌会在短期内“卷土重来”，影响疗效。有资料统计，约有60%的肝癌在移植后6个月内复发。
多数学者认为，肝癌肝移植术后复发的最主要原因是肝移植手术时体内已经存在临床和影像检查无法发现的肝外微小转移灶，这些小转移灶在移植前机体抵抗力正常的情况下并不是多大的问题，因为机体防御细胞（如巨噬细胞、白细胞等）可以把这些病灶抑制或吞噬。肝移植后的情况就不一样了，肝移植后，为了防止新肝脏被排异，患者要常规应用免疫抑制剂，免疫抑制剂能够抑制机体的防御细胞，削弱对癌转移灶的抑制，致使肝癌的微小转移灶快速生长。
（2）肝癌的移植疗效与肝癌的特性有关：
肝细胞癌的早期，癌细胞通常长得很慢，癌灶的周围也会有一个完整的包膜，这个包膜将癌细胞与正常的肝细胞分开来，阻止癌细胞向其他部位扩散。而且，这一时期的肝癌细胞长得很像正常肝细胞，我们通常说它分化好，也就意味着癌细胞的恶性程度低，向外扩散的能力弱。因此，早期的肝细胞癌不容易发生肝内或肝外的转移。当肝癌生长到一定程度时，癌细胞生长的速度越来越快，细胞也变得越来越异常，恶性程度越来越高，越容易突破包膜向肝脏的血管、胆管内侵犯。一般认为，5cm大小的肝细胞癌具备了向肝外组织转移的倾向。
因此，肝癌移植疗效的好坏与肝癌本身所具有的生物学特征有密切的关系。肝癌越小、恶性程度越低、转移的能力越弱，效果越好；肝癌越大、恶性程度越高、转移的能力越强，效果会越差。
