对于个别不典型的病灶，经过以上的检查后，仍难以确定肝脏占位病变的性质。此时有两种选择，或者暂时观察3个月，进行复查，或者对可疑病灶进行穿刺活组织病理检查。活检一般在B超或CT引导下进行，首先通过B超或CT进行定位，然后在局部麻醉下，把一根很细的穿刺针穿入可疑病灶，获取少量可疑组织，通过病理检查可明确诊断。穿刺活检是一种安全、有效的检查和诊断方法，但对于穿刺活检的结果也应理性思考，若结果为阳性，即明确为肝癌，则应立即进行相应的治疗，若结果为阴性，也不能认为万事大吉，阴性结果只能说明获取的组织未发现癌细胞，这主要是由于穿刺部位不同所致，因此，如遇到阴性结果时，仍需要定期进行复查。
对可疑肝癌灶行穿刺活检，有潜在的肝癌沿针道播散或腹腔内种植转移的风险，尽管发生的几率很低，但值得一提，且应尽量预防。
面临众多的不断发展的医学影像学检查技术，临床医生选择时通常遵循先易后难、无损伤技术优先和尽量为患者节省费用的原则。
