临床上，乙肝发病的机制非常复杂，可以说，各种情况都有，目前还没有很好地能够将之阐明。目前认为其肝细胞损伤不是乙肝在肝细胞内复制的结果，而是由T细胞毒反应所介导。人感染乙肝后，可引起细胞免疫和体液免疫应答，并激发自身免疫反应及免疫调节功能紊乱。这些免疫反应对乙型肝炎的临床表现及转归有重要意义。
根据我国新生儿乙肝免疫接种技术规范，首针疫苗应在婴儿出生24小时内进行，而最近检查发现，部分地区首针乙肝疫苗及时接种率仍然很低。中国疾病预防控制中心免疫规划中心主任梁晓峰日前称，首针乙肝疫苗及时接种是阻断母婴传播的重要保证。
据了解，医学观察证实，从乙肝病毒(HBV)感染者变成HBV携带者的比例与感染年龄有关。新生儿期感染HBV有80%～90%可变成HBV携带者;婴儿期感染有60%～70%可变成HBV携带者;而学龄儿童、青少年感染，则分别有10%～20%和5%可变成HBV携带者。而且，越早成为HBV携带者，越容易发展为肝炎和肝硬化。
据梁晓峰介绍，从2002年起我国将乙肝疫苗纳入儿童计划免疫，极大推进了我国乙肝免疫的进程。但目前一个突出的问题是，部分地区新生儿乙肝计划免疫难以执行技术规范。今年3月中旬和4月上旬，国家计划免疫督导专家对8个省份进行督导检查发现，尽管各省乙肝疫苗首针及时接种率和3针疫苗全程接种率都有大幅度提高，但局部地区的免疫接种情况仍不容乐观。在有些县，新生儿出生24小时内接种到乙肝疫苗的仅为50%多，有的县更低，为25%，还有的县甚至不足10%。
