乙肝病毒是导致肝细胞炎症而发生坏死的根本原因，抗病毒是最重要、最根本的手段。 乙肝基本上是不能彻底治愈的，治疗的目标有两个即：(1)保证肝功能正常运转;(2)延缓或阻止肝脏病理性恶化(即肝硬化、肝癌等病变)。要达到上述两个目标，就需要阻断肝细胞炎症而发生坏死，而乙肝病毒是导致肝细胞炎症而发生坏死的根本原因，抗病毒是最重要、最根本的手段。
是否需要抗病毒治疗的标准并不是“大三阳”就要抗病毒，“小三阳”可以不抗病毒。对乙肝病毒携带者中的慢性乙肝病毒携带者(HBV-DNA阳性，肝功正常)，最好做肝穿刺检查，然后决定是否抗病毒治疗。而非活动性乙肝病毒表面抗原携带者(乙肝表面抗原阳性、e抗原阳性、HBV-DNA阴性、肝功能正常)，可不必抗病毒治疗，但要定期随访复查。
目前被专家公认的乙肝抗病毒药物一共两大类，共五种，分别是干扰素类(普通干扰素、长效干扰素)和核苷类(拉米夫定、阿德福韦、恩替卡韦
2005年我国《乙肝防治指南》中指出，是否要进行抗病毒治疗，必须综合考虑—“HBV-DNA”、“肝功能”、“肝组织学检查(即肝脏穿刺检查)”这三项检查结果。
第1条———HBV-DNA：“大三阳”病人的病毒DNA数量达到105拷贝/毫升，“小三阳”病人的病毒DNA数量达到104/毫升，这个数值便是乙肝病毒复制活跃的依据。
第2条———肝功能：转氨酶高于正常值上限的2倍，这个时候是进行抗病毒治疗的最好时机，否则不仅疗效不佳，搞不好会产生耐药、病情反跳，导致重症肝炎。
第3条———肝组织学检查：转氨酶虽小于2倍正常值上限，但肝组织学结果发现，肝纤维化指标已超标到一定级别，或炎症坏死较重。三条之中，第1条是必需条件。在符合第1条的前提下，再具备第2条或第3条，便符合抗病毒的指征了。
