脂肪肝的病因，可由一种或多种病因同时作用，也可以先后参与。目前，大家比较一致认可的有如下几种：
1．营养性因素
营养过剩和营养不良均可引起脂肪肝。在我国，随着人们生活水平的提高，高热量、高脂肪类食物增多，而运动量却大幅度减少，造成肥胖症、高脂血症逐年增高。部分患者尽管体重未达到肥胖标准，但其腹部内脏脂肪明显增加，提示在肥胖相关性脂肪肝中有可能的致病病因不是一般意义上的肥胖，也就是说，不是量的肥胖而是质的肥胖。在我国营养不良性脂肪肝常见于全胃肠外营养的病人；为了减肥而快速减重，也可造成脂肪肝。在非洲以及我国的贫穷山区，由于摄入蛋白质不足可诱发肝细胞脂肪变性，从而造成脂肪肝的患者也不少。
2．炎症性因素
病毒、细菌、寄生虫等各种致病生物都可引起肝细胞变性坏死及炎细胞浸润。其中以病毒性肝炎为多见，甲、乙、丙、盯戊等六型肝炎均可合并脂肪肝。此外，炎症性肠并胰腺炎、结核感染均可引起脂肪肝，这些病主要是因营养不良、缺氧以及细菌毒素损害等导致肝细胞脂肪变性。
3．代谢性因素
内分泌疾病，如糖尿并高血糖代谢生成的三碳化合物被肝细胞摄取转化为脂肪酸，而后酯化为大量的甘油三酯沉积在肝内。同时，通过对激素的影响而影响脂代谢，造成脂肪肝。尚有少数先天性代谢性缺陷也可造成脂肪肝。
4．中毒性因素
能引起脂肪肝的化学因素主要为真性肝毒物，即其致病作用主要与毒物本身的性质及剂量有关，故又常称为可预测性肝毒物质。常见有酒精中毒、工业中毒及药物中毒，可引起小泡性或大泡性脂肪肝。
5．遗传因素
遗传因素主要是通过遗传物质的基因突变或染色体畸形而引起的。其中肝豆状核变性、血β-脂蛋白缺乏症、半乳糖血症、果糖耐受不良等遗传性疾病可引起大泡性脂肪肝，而尿素循环酶先天性缺陷等则可引起小泡性脂肪肝。
6．精神心理和社会因素
营养不良、嗜酒等许多脂肪肝的发生因素均与社会因素有关。现代化的生活环境，不良的生活方式，高脂肪、高热量的膳食结构，以及生活懒散等因素与肥胖及其相关脂肪肝的发生有关。
7．其他隐原性脂肪肝
慢性脂肪肝主要由饮酒、肥胖、糖尿病及高脂肪血症等病引起。
