由于肝内胆汁淤积可发生于各型病毒性肝炎、原发性胆汁性肝硬化、药物性肝炎、妊娠期肝内胆汁淤积，其预后与原发病密切相关。
病毒性肝炎的急性、慢性和重型肝炎的肝内胆汁淤积，常与上述病变并存，因此这类患者预后一般不取决于胆汁淤积的程度，主要与肝细胞的病变轻重有关。肝细胞有大块或亚大块坏死，有功能的残存细胞小于35%，病死率高达100%，而残存细胞数大于50%，存活率可达70%。亚急性重型和重型慢性活动性肝炎的肝坏死，若坏死范围广，呈进行性发展，其预后极差。一般急性胆汁淤积肝炎，预后常良好。
妊娠末期的肝内胆汁淤积，临床经过良好，分娩后均自然痊愈。
药物性的肝内胆汁淤积在停药后，一般可以缓解。
原发性胆汁性肝硬化，尤其是高龄的病例及临床表现有进行性加重的高胆红素血症病例，其预后不良。
