2005年Wieckowska A等进行的一项为期16年的纵向研究表明，与成年人一样，儿童NAFLD也有向肝硬化发展的进展性临床过程，成年人NAFLD的疾病谱在儿童中均能见到。成年人单纯性脂肪肝预后较好，但儿童单纯性脂肪变性是否呈良性经过以及是否随着时间的延长向NASH发展目前尚不明确，但一些研究结果显示儿童NASH与成年人NAFLD的预后密切相关，随着年龄增长，可能会进展为脂肪性肝炎、肝硬化甚至肝癌。对100例NAFLD儿童做肝组织活检，结果表明NASH占68%，纤维化发生率也较成年人高，提示儿童NAFLD的预后可能较成人差，但预后与特定的人群有关，西班牙、亚洲儿童NASH病情较重，预后较差，但原因不明，可能与儿童NAFLD患者存在胰岛素受体功能障碍导致的代谢紊乱或者肥胖儿童抗氧化物水平显著降低等因素有关。
儿童NAFLD可能是代谢异常向非胰岛素依赖型糖尿病、高血压及心血管疾病发展的肝表现，代谢异常引起的心脑血管疾病可能是影响儿童NAFLD预后的重要因素。低幼儿童也可发生NAFLD。文献报道有1名2岁半的幼儿患NASH。在罗马的病例系列研究中最小的患儿为3岁，圣地亚哥最小的为2岁。多伦多10岁或10岁以下儿童的比例为25%。
NAFLD的自然进程与组织学分型密切相关。仅有脂肪变性而没有炎症的患者预后良好，常常不伴有组织学进展。相反，NASH患者则可能会进展至肝硬化。进展性肝纤维化是NAFLD发展为终末期肝病的高危因素。对成人，年龄、肥胖和糖尿病是NAFLD进展至肝纤维化的独立危险因素，年龄>45岁，AST/ALT>1并伴有肥胖和糖尿病患者肝纤维化的危险增加50%。然而至今还缺乏相应的研究以评估NAFLD在儿童中的风险。目前还没有能有效治疗非酒精性脂肪肝的药物，对超重或肥胖并患有脂肪肝的儿童最重要的建议是减肥，增加体力活动，均衡饮食，避免不必要的药物。
