前面已经提到，慢性乙肝的治疗是世界性的难题。很多慢性乙肝患者，使用了多种药物治疗，但疗效均不明显，病情总发生反复。但是由于慢性乙肝对人类的危害非常大，所以仍然要采用一些方法对其进行治疗。
慢性乙肝治疗目标中最重要的是就是清除病毒，如果病毒不能完全清除，也要能够长期抑制病毒的复制，这样病变就不会发展，细胞坏死就会明显减轻。其次，要改善或者是消除肝脏炎症坏死和纤维化的病变。再次，要减少和阻止肝硬化的发生。这就是乙肝的治疗目标。由于目前的治疗药物和手段尚难以完全彻底的清除病毒，而病毒的存在是导致肝脏发生炎症坏死和纤维化甚至肝硬化的原因，所以乙肝的治疗目标就是长期有效地控制病毒。上述治疗目标在中华肝病学会和中华感染病学会所制订的“肝病防治指南”中已经被明确提出。
由于应用抗病毒药不能彻底清除乙肝病毒，所以针对慢性乙肝的抗病毒治疗要“长期用药”。长期用药的目的，不是为了清除或杀灭所有病毒，而是为了强力抑制乙肝病毒的复制。只有长期用药才能使患者体内的病毒大幅度减少，使乙肝病毒失去活跃的复制能力，病毒处于非复制状态，病情就会出现稳定、静止的好局面。这种局面持续时间越长，就越有益于患者的康复，患者机体才能充分调动和促进免疫功能的发挥，将病毒牢牢控制住，甚至将病毒清除。显而易见，短期、突击性应用抗病毒药不会达到上述目的。所以，慢性乙肝患者必须放弃“速战速决”“快速治愈”的观念，树立起长期作战、长期应用抗病毒药的观念。
