只有抗病毒治疗才能预防肝硬化和肝癌的发生。降酶药治标不治本，如果不抑制病毒，转氨酶降低只是暂时的，肝炎反复活动，就有发生肝硬化的可能；肝硬化患者不抗病毒治疗，就有发生肝癌的高危性。
慢性乙肝病毒很难彻底清除，除了慢性乙肝病毒携带之外，凡有肝炎活动的患者，都有发生肝硬化的可能；凡有肝炎活动的肝硬化患者，都有发生肝癌的可能。只是按照病毒复制水平的不同，发生的频率不同而已。台湾的调查研究证实，HBV DNA定量越高，数年后发生肝硬化和肝癌的比例明显增高，因而慢性乙肝患者必须进行抗病毒治疗，抗病毒治疗也是为了预防肝硬化和肝癌。
经过抗病毒治疗，HBV DNA在检测限以下的肝炎患者，发生肝硬化和肝癌的可能性降低；如果未经抗病毒治疗、治疗无效、病毒水平较高的肝硬化患者，发生肝功能失代偿或发生肝癌的可能性就较大。
