目前“乙肝转阴”一般是指血清HBeAg或HBV-DNA阴转，HBeAb阳转（HBeAg转阴同时伴有HBeAb出现称为“血清转换”）。HBeAg、HBV-DNA在血中出现反映乙肝病毒在肝细胞内复制活跃，血清HBeAg、HBV-DNA的消失反映乙肝病毒复制趋于静止。当然如果发生病毒前C区变异，这时尽管血中HBeAg不出现，然而病毒复制却是活跃的，在这种情况下检测血HBV-DNA往往是阳性的。所以HBV-DNA是反映乙肝病毒复制的“金指标”，进行HBV-DNA的定量检测，有助于治疗方案的选择以及抗病毒疗效的判断。
但是HBeAg、HBV-DNA阴转决不意味着机体已彻底清除了病毒，即使血中不存在病毒，乙肝病毒仍然可存在于患者的肝细胞内。使用抗病毒治疗后血HBV-DNA阴转同时出现“血清转换”的这些患者比单纯HBV-DNA阴转和HBeAg阴转者复发机会小。至于使慢性乙型肝炎患者，血清HBsAg转阴几乎是不可能的。一味强调用各种药物使乙肝病毒各项指标阴转，以期彻底治愈，根本达不到这种疗效，而且由于大量用药反而会加重肝脏负担，导致患者出现药物性肝损害。
