目前抗乙肝病毒治疗的一线药物是干扰素和核苷类药物。两种药物的应用特点如下：
（1）干扰素 ①优点：具有抗病毒及免疫调节双重作用，疗程相对较短，一般12个月就可以考虑停药，停药后复发的几率小一些。②缺点：需要注射，不太方便，而且不良反应较大，除对血象的影响外，治疗初期还可能有比较明显的流感样全身反应，有可能暂时影响患者的工作或学习，并且不是对所有患者都有效，也不是所有患者都适合用。除此之外干扰素有较为严格的禁忌证，在使用时要避免应用于有禁忌证的病患。
（2）核苷类药物 ①优点：几乎没有任何不良反应，适用于所有患者，而且是口服给药，一日一次，非常方便。②缺点：只有抗病毒作用而没有免疫调节作用，疗程很长，常需数年之久，而且应用一年左右，部分患者还会出现病毒变异、耐药。用药的时间越长，耐药的几率越大。因此，很多患者及医师对此顾虑重重，不敢应用。
事实上这种顾虑大可不必。因为即使是变异耐药，也仅仅是核苷类药物中所使用的某一种不灵了，还是可以应用其他核苷类药物抗病毒或干扰素，并且患者变异了的毒力常常不是更强而可能是更弱了。有时候病毒虽然变异了，但患者的转氨酶还可能是正常的，继续用药有时还会取得好的疗效。
必须注意：即使是耐药了，也不要轻易停药，最好在加用其他抗病毒药物取得疗效后再停药，这样更安全一些。特别是失代偿肝硬化患者，更不要轻易停药，否则有可能导致病情恶化，甚至死亡。
另外，还必须强调，目前所有的抗乙肝病毒的药物对肝细胞核内的共价结合的闭合的环状的乙肝病毒核酸（cccDNA）均无清除作用，而cccDNA又是乙肝病毒复制的模板，只要cccDNA不被清除，乙型肝炎就有复发的可能，因此，无论应用何种药物，都是疗程越长，复发的机会越小。至于到底用到什么时候再停药才可以保证不再复发，还需要进一步研究。
慢性乙肝抗病毒治疗究竟该选择哪一种，还要根据患者的具体情况仔细考虑并与患者及其家属商量后决定的，比如要考虑患者的经济情况（有无可能长期负担药费）、患者的工作或学习情况（有无可能短期离开工作或学习）、患者的身体情况（有无可能耐受不良反应）以及思想情况（对某种疗法的顾虑多大）等。
