丙肝治疗的进展在近二十年的不断更新中，疗效已得到了极大提高（见下图），从图表我们可以发现，随着长效聚乙二醇化α干扰素的出现，联合利巴韦林的治疗方法及疗程的延长，丙型肝炎的治愈率已从最初的6%，增加到目前的55%。从目前已获得批准的几个治疗方案的临床试验中，每周一次皮下注射长效聚乙二醇化α干扰素并口服利巴韦林已经使患者获得了最高的SVR（持续病毒应答），SVR是指停用药物治疗后6个月，血清的丙肝病毒HCV RNA仍为阴性，这是判断丙型肝炎是否治愈的金标准。这代表了当前的标准治疗方案，也是最佳的治疗方案。
聚乙二醇化干扰素是惰性的聚乙烯乙二醇与干扰素分子结合而成，这减少了药物需肾脏清除的量，改变了药物的代谢机制，从而延长了聚乙二醇化干扰素分子的半衰期。有两个产品已批准上市，12kD聚乙二醇化α-2b干扰素（佩乐能；先灵葆雅公司）和40kD聚乙二醇化α-2a干扰素（派罗欣；豪夫曼罗氏公司）。有报道聚乙二醇化α干扰素加利巴韦林比普通α干扰素加利巴韦林或单用聚乙二醇化α干扰素疗效都要高。
丙型肝炎的治愈标准以能否达到持续病毒应答（SVR）来表示。SVR的预测因素包括患者HCV基因型及治疗前HCV RNA的载量而定，并通过患者治疗前特征和治疗后一个月的快速病毒应答（RVR）、三个月的早期病毒应答（EVR）来预测。
在所有的治疗反应预测研究中，基因型是最重要的一个预测指标。HCV基因2、3型、治疗前HCV RNA载量较低、年龄低于40岁和体重低于75k g和不伴有纤维化和肝硬化的患者中SVR均较高。感染HCV基因1型的患者SVR为42%～46%，而在基因2、3型中则高达76%～82%。
有关丙型肝炎的诊治，近年来又出台了新的规范。在第17届亚太肝病年会上，发表了《2007年亚太肝病学会有关丙型肝炎诊断、处理和治疗的共识声明》，共识中指出：
HCV相关肝硬化的患者中，每年出现肝脏失代偿危险的比例大约为3%～4%；出现原发性肝癌（HCC）每年约1.4%～6.9%，代偿良好的丙肝肝硬化患者10的生存率为80%。而失代偿患者约25%。干扰素治疗能改善HCV相关肝硬化的自然史。在获得持续病毒应答（SVR）的患者中，5年失代偿的发生率为1%，生化应答者，5年失代偿发生率为9.1%。
丙肝病毒感染抗病毒治疗的目的是获得SVR，生化（ALT）和组织学应答为次要目标。
急性丙肝不需联合利巴韦林治疗，因为IFN或Peg-IFN联合利巴韦林治疗并不提高患者的SVR。
ALT正常慢性丙肝患者与ALT升高者的治疗应答率相似，所以应当考虑治疗。慢性HCV感染，组织学肝纤维化分期为S1以上者，为治疗适应证。
慢性HCV感染，基因2、3型患者无论疾病轻重均应治疗。代偿期肝硬化患者应考虑治疗，失代偿肝硬化患者一般不予治疗，但要咨询肝移植。
针对基因1型慢性HCV感染者，推荐Peg-IFN加利巴韦林治疗，疗程48周。治疗4周获得快速病毒应答（RVR）者，疗程24周。治疗12周获得早期病毒应答（EVR）者，疗程48周。治疗12周未获得EVR者，应停药。
针对基因2或3型慢性HCV感染者，推荐普通IFN-α加利巴韦林或PegIFN加或不加利巴韦林治疗，疗程24周。同时有证据表明，针对基因2型，16周短疗程与24周疗程的SVR相同。
针对失代偿期丙肝患者只要Child-Pugh积分≤7和MELD积分≤18并血小板＞60 000，可以考虑抗病毒治疗，但应由有经验的肝病机构密切监测。可采用小剂量逐渐增量方案并予支持治疗以预防静脉破裂出血、感染和血细胞减少症。
肝移植后，预先抗病毒治疗（移植后＜6个月）仅适用于临床试验。已出现复发性丙肝（移植后＞6个月）病情较严重者，应考虑治疗，最佳方案为Peg–IFN加利巴韦林，疗程至少48周。
慢性丙肝患者伴以透析治疗维持的终末期肾病，推荐IFN单一治疗。肾移植后禁用干扰素治疗。
HIV/HCV重叠感染伴进展性HIV疾病（CD4计数＜100/mm3）应接受抗反转录病毒（HARRT）治疗，而HCV治疗延迟至免疫功能改善，最好CD4计数＞200/mm3。初次HIV/HCV重叠感染患者CD4计数100～350/mm3应在抗HCV治疗前予HARRT治疗。HIV/HCV重叠患者其CD4计数＞350/mm3可考虑抗HCV治疗，不需要HAART治疗。
在近年来的美国肝病学会年会上，丙型肝炎的治疗依然是讨论的热点之一。干扰素为主的治疗强调个体化。大剂量诱导治疗可提高HCV基因I型感染患者的应答率。加大干扰素的剂量可以提高疗效；延长疗程可以增加延迟应答或无应答患者的SVR并降低复发率。
