乙肝治疗的疗效应从多个方面来评价，病毒指标转阴只是评价疗效的其中一个参数。治疗慢性乙肝的目标抑制乙肝病毒、修复肝损伤、治疗肝组织纤维化、增强机体免疫，防止慢性乙肝进展成为肝硬化和肝癌，部分患者达到康复。对一些患者长期进行治疗即使暂时没达到病毒指标转阴，也可因乙肝治疗病毒量下降或停止复制，肝脏的炎症病变减轻，肝功能得到改善，防止了肝脏的纤维化与肝硬化形成，所以判断治疗效果应综合评判，此时还应结合肝脏组织学检查。
慢性乙肝防治指南明确指出，治疗乙肝的目标是持续抑制病毒，延缓疾病进展成肝硬化和肝癌。对一些患者，长期抗病毒治疗即使没有彻底清除病毒，也可抑制病毒复制，减轻肝脏的炎症病变，改善肝功能，延缓肝脏的纤维化与肝硬化进程。所以判断治疗效果应综合评判。
何时进行抗病毒治疗
需要抗病毒治疗的有以下几种情况：
（1）乙肝病毒-DNA≥105拷贝/毫升，谷丙转移酶(ALT)≥正常值的2倍。
（2）乙肝病毒-DNA≥104拷贝/毫升，谷丙转移酶(ALT)≥正常值的2倍，e抗原(E抗原)阴性。
（3）对部分肝功能正常但是病毒量较高(乙肝病毒-DNA≥105拷贝/毫升)的慢性携带者，尤其是年龄>35岁时，可考虑进行肝活检，若检查发现存在中度或中度以上肝组织炎症或肝纤维化，则考虑给予抗病毒治疗。
（4）已经出现明显肝硬化表现的患者，不论是大三阳还是小三阳，不论谷丙转移酶是否升高，只要病毒量较高，都应考虑使用核苷类药物抗病毒治疗。
对慢性乙肝的治疗首先要明确哪些患者需要抗病毒治疗，哪些患者暂时还不需要抗病毒治疗。慢性乙肝病毒感染时，病毒多了不一定出现严重肝损害，病毒少了也不一定肝脏损害就轻。对乙肝发病机制研究表明，机体免疫系统对乙肝病毒产生免疫应答是造成肝损害的主要因素，如果仅仅表现为乙肝病毒指标阳性，肝脏没有明显的炎症损伤，肝功能正常，我们称为乙肝病毒携带者，这类患者无论病毒数量多少，目前国际上专家共识认为可以暂时不治疗，只需保持良好的心态、戒酒、不过度疲劳，不使用损肝药物，每半年到医院检查一次肝功能和B超。
如果对乙肝病毒携带者行肝活检，发现肝内有明显炎症者，为防止这些患者快速发展为肝硬化和肝癌，可以考虑进行抗病毒治疗。需要治疗的慢性乙肝患者主要是指那些肝脏损害明显，肝病进展较快的患者，治疗的目标是减少肝细胞损伤，保护肝脏功能，并让患者的肝脏功能基本维持正常，维持其终生不出现肝功能衰竭。对某些病毒复制活跃，肝损害明显的患者可以考虑给予抗病毒治疗。
