以往认为乙肝疫苗只是给新生儿注射预防乙肝之用，现在已知乙肝疫苗还可以用来治疗乙肝。乙肝患者血中的表面抗原含有2个亚单位，一个含糖基，一个不含糖基。人工制造酵母乙肝疫苗也含两个亚单位，但都不含糖基，注射人工疫苗后就会产生不同的效应。且局部注射大剂量乙肝疫苗，局部浓度大，刺激性较强。以上2种因素使乙肝疫苗产生了治疗效应。在治疗乙肝时，乙肝疫苗不是单独应用，而且是要加上乙肝免疫球蛋白（HBIG），该制剂中每单位含60微克表面抗原和38微克乙肝免疫球蛋白，以氢氧化铝为佐剂，每3周肌注1次，共3次。
现在应用乙肝疫苗+白介素-2+乙肝免疫球蛋白联合治疗乙肝病毒携带者，可以使“小三阳”患者的核心抗原、表面抗原转阴，表面抗体转阳，达到最为理想的治疗效果。在治疗“大三阳”及ALT异常者（即现症患者），应用前述制剂同时，加拉米夫定或干扰素联用，可以促使“大三阳”在较短时间内转为小三阳。乙肝病毒-DNA转阴，病毒停止复制，肝功能自然就正常了。
