此时，病情非但没有好转，反而出现恶化或加重，肝功能反复异常，症状突出。异型慢性乙型肝炎患者血清乙肝病毒e抗原虽为阴性，但是肝组织内乙肝病毒脱氧核糖核酸呈进行性复制，肝脏有严重而迅速进展的慢性活动性炎症，血清转氨酶水平忽高忽低，波动性很大，容易发展为重型肝炎、肝硬化或肝癌，干扰素治疗效果不佳。
据不完全统计，我国现有乙型肝炎患者中1/3以上的病例属于异型慢性乙型肝炎，现有的肝硬化病例，乙型肝炎“小三阳”患者远远多于“大三阳”患者，提示我国异型慢性乙型肝炎占据十分重要的位置，绝不可小视。
异型慢性乙型肝炎的识别方法：乙型肝炎患者检查乙肝病毒指标发现为“小三阳”或“小二阳”，切不可误认为一定是病情好转，还需进一步检查肝功能系列和乙肝病毒脱氧核糖核酸。如果肝功能指标异常（转氨酶、胆红素反复升高）、乙肝病毒脱氧核糖核酸为阳性，就应该诊断为异型慢性乙型肝炎。对于异型慢性乙型肝炎的治疗主张综合治疗、联合用药，一般不主张使用干扰素治疗，因为干扰素对于乙肝病毒变异引起的异型病毒疗效比较差。
